Das liegt wahrscheinlich an sv_fps 30, was eine der Neuerungen vom PAM 2.04 ist. Eigentlich sollte der Zeitunterschied vom PAM Mod wieder passend gerechnet werden, was bei Dir wohl leider nicht funktioniert.
Der Standardwert auf einem normalen CoD2 Server ist sv_fps 20. Und ohne Mod kann man den von Dir beschriebenen Effekt ebenfalls durch Umstellung auf sv_fps 30 produzieren.
Allerdings ist bereits eine PAM 2.04b angekündigt, ob da aber Dein Problem gelöst ist weiss ich leider nicht.
Gruß Ulf