Hi,
hatte das selbe Problem....
Lösung:
1. neues Verzeichnis anlegen zB ~/.quake4.2/
2. datein aus altem (~/.quake4/) kopieren
3. 2nd server mit "+set fs_savepath ~/.quake4.2 +set fs_devpath
~/.quake4.2" starten
Hoffe es klappt auch bei dir so...
PS: denke dran, dass beim start die configs aus dem jeweiligen modverzeichnis benutzt werden