Um auf den Server komplett per "FTP" zugreifen zu können braucht man WinSCP bzw. sollte man WinSCP nutzen. Damit kann man per SSH auf den Server connecten und sieht dann den kompletten Verzeichnissbaum.
Hier ein Link zum Runterladen des Tools:
http://www.pazur.de/downloads/winscp.exe
Achja ohne Putty sollte man nicht mit Linux arbeiten. Putty ist echt schön und sehr einfach aufgebaut
Hier ein Link zum Runterladen von Putty: